Sejalan dengan perubahan status IAIN Sumatera Utara menjadi Universitas Islam Negeri Sumatera Utara (UINSU) berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 131 Tahun 2014, terjadi penyesuaian dan transformasi besar dalam struktur akademik dan kelembagaan di lingkungan fakultas. Fakultas Ushuluddin turut mengalami perubahan nomenklatur menjadi Fakultas Ushuluddin dan Studi Islam, serta mengembangkan program-program studi yang lebih spesifik dan relevan dengan kebutuhan zaman. Dari proses perubahan tersebut, lahirlah lima Program Studi, yaitu: 1) Aqidah dan Filsafat Islam, 2) Studi Agama-Agama, 3) Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir, 4) Ilmu Hadis, dan 5) Pemikiran Politik Islam.
Program Studi Aqidah dan Filsafat Islam (AFI) sendiri merupakan kelanjutan historis dari jurusan Aqidah Filsafat yang telah lebih dahulu eksis sejak masa awal pendirian fakultas. Keberadaan Prodi AFI semakin diperkuat dengan raihan akreditasi UNGGUL yang diberikan oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT), yang berlaku sejak tanggal 15 Agustus 2023 hingga 11 Januari 2027. Status ini menunjukkan bahwa Prodi AFI telah memenuhi standar mutu nasional dalam pengelolaan akademik, pembelajaran, sumber daya manusia, serta luaran tridarma perguruan tinggi.
Secara historis, Fakultas Ushuluddin dan Studi Islam berakar dari Fakultas Ushuluddin IAIN Imam Bonjol cabang Padang Sidempuan yang disahkan melalui Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor: 193 Tahun 1970. Peresmiannya dilaksanakan pada tanggal 24 September 1970. Kemudian, fakultas ini bergabung bersama Fakultas Syariah dan Fakultas Tarbiyah (keduanya cabang IAIN Ar-Raniry Banda Aceh), sebagai syarat berdirinya IAIN Sumatera Utara. Integrasi ini berhasil diwujudkan melalui Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor: 97 Tahun 1973 pada tanggal 19 September 1973. Pada hari itulah IAIN Sumatera Utara diresmikan oleh Menteri Agama, Prof. Dr. Mukti Ali, M.A.
Tidak lama berselang, pada tahun 1974, Fakultas Ushuluddin dipindahkan dari Padang Sidempuan ke Medan berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor: 9 Tahun 1974, tertanggal 18 Februari 1974. Pada masa itu, Fakultas Ushuluddin memiliki tiga jurusan utama, yaitu: Dakwah, Aqidah Filsafat, dan Perbandingan Agama. Jurusan Aqidah Filsafat sendiri disahkan pada tanggal 1 November 1973 melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Agama Islam Nomor: 97 Tahun 1973.
Perjalanan panjang Prodi Aqidah Filsafat kemudian mengalami dinamika administratif. Pada tahun 2009, Dirjen Pendidikan Islam Kementerian Agama RI menerbitkan Keputusan Nomor: Dj.I/619/2009 tentang perpanjangan izin penyelenggaraan program studi di lingkungan Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAI), termasuk untuk jurusan Aqidah Filsafat. Transformasi kelembagaan berlanjut ketika, pada tahun 2015, Rektor UINSU (Prof. Dr. Nur A. Fadhil Lubis, M.A) menerbitkan Keputusan Rektor Nomor: 220 Tahun 2015 tentang pengukuhan program studi, yang memecah Prodi Aqidah Filsafat menjadi dua program studi baru: Prodi Ilmu Aqidah dan Prodi Filsafat Agama. Dengan pemecahan ini, mahasiswa yang saat itu terdaftar di Prodi Aqidah Filsafat dikategorikan sebagai mahasiswa Prodi Ilmu Aqidah.
Namun, peralihan nomenklatur ini tidak berlangsung lama. Meskipun sempat menghasilkan satu angkatan alumni dengan gelar dari Prodi Ilmu Aqidah, kebijakan nomenklatur kembali disesuaikan dengan keputusan nasional. Melalui Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 6943 Tahun 2016 tentang Perubahan dan Penyesuaian Nomenklatur Program Studi pada Perguruan Tinggi Keagamaan Islam (PTKI), nama Ilmu Aqidah secara resmi diubah menjadi Aqidah dan Filsafat Islam. Penyesuaian ini mengembalikan orientasi epistemologis dan integratif yang telah lama menjadi ciri khas Prodi ini.
Konsolidasi terakhir terjadi pada tahun 2027 berdasarkan Keputusan Rektor UIN Sumatera Utara (Prof. Dr. Saidurrahman, M.Ag) Nomor: 046 Tahun 2027, yang menyatukan kembali Prodi Ilmu Aqidah dan Prodi Filsafat Agama menjadi satu program studi dengan nomenklatur Aqidah dan Filsafat Islam. Sejak saat itu, Prodi AFI menjadi program studi yang utuh dan terintegrasi, dengan pendekatan kajian multidisipliner antara teologi Islam (kalam), filsafat, tasawuf, serta pemikiran Islam kontemporer.
Dengan latar belakang historis dan kelembagaan yang kuat, Program Studi Aqidah dan Filsafat Islam berkomitmen untuk mencetak lulusan yang memiliki kompetensi dalam analisis pemikiran Islam secara mendalam, berwawasan luas, dan mampu memberikan kontribusi terhadap perkembangan intelektual Islam yang moderat, rasional, dan transformatif dalam konteks lokal, nasional, maupun global.